Sebagai upaya untuk mengembangkan bakat, minat, dan kemampuan peserta didik, di samping program intrakurikuler, di SMAMDA Sidoarjo memberikan pelayanan kepada peserta didik untuk dapat memilih dan mengikuti program pembinaan keorganisasian dan kepemimpinan serta berbagai kegiatan ekstrakurikuler.
Peserta didik kelas X diwajibkan untuk mengikuti salah satu organisasi kesiswaan yang ada di SMAMDA Sidoarjo, yaitu : (1) Ikatan Pelajar Muhammadiyah (IPM), (2) Tapak Suci Putera Muhammadiyah, dan (3) Pramuka Hizbul Wathon (HW)
Berbagai macam organisasi kesiswaan di SMAMDA sidoarjo, IPM adalah organisasi kesiswaan yang bersifat intrasekolah, di sekolah lain, di luar Muhammadiyah, di kenal dengan OSIS. Tapak Suci (TS) merupakan organisasi bela diri pencak silat di Muhammadiyah, sedangkan Pramuka HW adalah organisasi kepanduan seperti pramuka. Ketiga organisasi tersebut merupakan organisasi otonom (ortom) Muhammadiyah. Tujuan mengikuti organisasi kesiswaan tersebut adalah untuk memberikan pengalaman kepada peserta didik dalam berorganisasi dan kepemimpinan serta memberikan pemahaman dan penguatan kepada peserta didik sebagai kader yang mamp merealisasikan maksud dan tujuan Muhammadiyah, yaitu menegakkan dan menjunjung tinggi ajaran Islam sehingga terwujud masyarakat Islam yang sebenar-benarnya.
Selain itu, siswa diharapkan dapat mengikuti program ekstrakurikuler untuk mengembangkan minat, bakat, serta jenis kecerdasannya. SMAMDA menawarkan 20 jenis ekstrakurikuler dan 6 klub sains, yang dikelompokkan menjadi tujuh yaitu:
a. Kelompok Agama Islam: Korps Mubaligh Muda Muhammadiyah (KM3), Qiroatul Quran dan Tahfidzul Qur'an.
b. Kelompok Sains dan Teknologi Terapan: Kelompok Ilmiah Remaja (KIR), Komputer dan Multimedia, Robotika dan Rekayasa Teknologi
c. Kelompok Bahasa dan Seni: Bahasa Jepang, Jurnalistik & fotografi, Seni Beladiri Tapak Suci, Teater, Seni Musik, Paduan Suara
d. Kelompok Kepanduan dan Sosial: Palang Merah Remaja (PMR), dan Hizbul Wathon (HW)
e. Kelompok Olahraga: Bola Voli, futsal, Bulutangkis, Panahan dan Bola Basket
f. Kelompok Paskibra
g. Kelompok Sains (Akademik): Matematika, Fisika, Kimia, Biologi, Ekonomi Akuntansi, Geografi dan Kebumian.
SMAMDA sebagai sekolah para juara, sangat memfasilitasi siswa untuk berprestasi. Oleh sebab itu, siswa akan mendapatkan pembinaan untuk mengikuti berbagai lomba kejuaraan dan olimpiade bidang akademik dan nonakademik, mulai tingkat kabupaten sampai dengan tingkat internasional.
Pembinaan Olimpiade dan Kejuaraan
Di samping pembinaan bakat, minat dan kemampuan melalui kegiatan intrakurikuler dan ekstrakurikuler, para siswa juga diberi pembinaan untuk mengikuti berbagai lomba, kejuaraan, dan olimpiade bidang akdemik dan nonakademik, mulai tingkat lokal sampai internasional.
Pembinaan akademik melalui klub mata pelajaran antara lain: klub matematika, fisika (AYPHIS), Biologi, Ekonomi, dan Bahasa Jepang. Pembinaan dilakukan satu minggu sekali setelah PBM, dan akan dilaksanakan lebih intens lagi saat mendekati jadwal olimpiade atau kompetisi.
Pembinaan dan pendampingan siswa dalam mengikuti berbagai olimpiade dan kejuaraan telah menghasilkan berbagai prestasi akademik dan nonakademik secara signifikan, mulai dari tingkat lokal, kabupaten, provinsi, nasional, dan internasional. Data prestasi siswa dalam mengikuti berbagai olimpiade/ kejuaraan dapat dilihat di www.smamda.sch.id.
FOTO

Ekskul Robotika

Ekskul Badminton

Ekskul Futsal

Ekskul Tapaksuci

Ekskul Basket

Ekskul Hizbul Wathan